El president Goodluck Jonathan, elegit a l’abril del 2011, es va enfrontar, sense gaire èxit, a les accions de Boko Haram ("l’educació occidental és un pecat", en llengua haussa), un grup que reclama una aplicació estricta de la llei islàmica i que manté vincles amb al-Qaida. Boko Haram va cometre nombrosos atemptats contra instal·lacions governamentals i esglésies en diversos estats del nord del país, de majoria musulmana. Alguns dels atacs més mortífers els va perpetrar al gener a l’estat de Kano, contra esglésies i locals cristians, els quals van causar la mort de com a mínim 185 persones. Una escissió de Boko Haram, anomenada Ansaru, va segrestar a mitjan desembre un tècnic francès a l’estat de Katsina i podria estar també implicada en els segrestos d’un italià i un britànic, morts quan les forces de seguretat van intentar alliberar-los, al juny. Segons els serveis d’intel·ligència occidentals, milicians de Boko Haram havien participat en la presa de poder al nord de Mali, en suport dels islamistes malians.
Al delta del Níger, on es produeix bona part del petroli, la violència ha disminuït des de l’amnistia del 2009. Tanmateix, el Moviment d’Emancipació del Delta del Níger (MEND) va cometre diverses accions, com ara la destrucció d’un oleoducte de la companyia italiana ENI a l’estat de Bayelsa, per recordar els greuges dels estats del delta, productors de petroli, però amb els pitjors paràmetres socials.
En política interna, el president va mantenir la política de reformes per a sanejar les finances i atreure inversions estrangeres. L’economia va créixer el 7% anual el darrer decenni, estimulada per la construcció, les telecomunicacions, l’agricultura i les manufactures. Una de les seves mesures, l’eliminació de les subvencions als combustibles, va ser rebutjada de manera massiva en una vaga general, al gener. El president va haver de fer marxa enrere, i va moderar la mesura.
En política africana, la diplomàcia nigeriana va fer de mediadora en els conflictes de Guinea-Bissau i Mali en el si de la Comunitat Econòmica d’Estats de l’Àfrica de l’Oest (CEDEAO), una organització d’integració regional amb seu a Abuja, la capital de Nigèria.