Durant el 2009, al país van continuar plenament actius el conflicte polític i el religiós (en el vessant més extrem, amb l'activitat violenta dels talibans) i la inestabilitat transfronterera que es contagia des del veí Afganistan.
Amb relació al conflicte polític, cal dir que alguns mitjans van vincular el president Asif Ali Zardari, vidu de Benazir Bhutto, a escàndols de corrupció, a part de ser considerat massa proper als EUA. Després de trencar l'aliança que els unia, el seu màxim rival, Nawaz Sharif, va veure al febrer com els tribunals el sentenciaven a ell i al seu germà (llavors governador del Panjab) a ser inhabilitats per a ocupar càrrecs públics. Sharif es va veure traït de nou per Zardari, que ja havia faltat al seu compromís de restituir el carismàtic jutge del Tribunal Suprem, Iftijar Chaudry. Per a pressionar el Govern, Sharif va anunciar que encapçalaria una marxa de juristes des de Karachi a Islamabad; les protestes per la sentència sobre els Sharif també va causar disturbis al Panjab. Al març, el Govern va anunciar la restitució de Chaudry, mentre que al juliol, es va anul·lar la sentència que pesava sobre els Sharif.
Pel que fa a la lluita contra la insurgència talibana, es van viure episodis de combats a gran escala, especialment als territoris occidentals de la província Frontera del Nord-oest, el Waziristan i les zones d'administració tribal (FATA), on els talibans es mouen lliurement des de l'Afganistan i arriben a controlar grans extensions de territori i, fins i tot, districtes sencers, com el Swat, on al mes de febrer les autoritats locals van acceptar l'adopció de la xara com a marc legal per a pacificar la violència. Malgrat les protestes dels EUA, que ho van considerar una concessió a la insurgència, el Govern del país també va acceptar la decisió com una solució de compromís. Al mateix temps els talibans van prendre el control de la regió de Bajaur, en una ofensiva que va obligar l'exèrcit pakistanès a desplegar-se i a llançar una contraofensiva, a l'abril, que va ser tan contundent que, en alguns casos, la població civil es va organitzar per lliurar els talibans i així posar fi als bombardeigs. Per la seva banda, els EUA van seguir organitzant periòdicament atacs amb míssils des de territori pakistanès sobre els talibans, sovint amb baixes entre la població civil.
També al llarg de l'any, va anar prenent força la figura del líder talibà al Pakistan, Baitullah Mehsud, que va ser capaç de forjar una aliança entre els grups talibans que operaven al país i es va convertir en objectiu dels EUA, que van anunciar al maig una recompensa de 5 milions de dòlars per la seva captura. Al juny es va iniciar una nova gran ofensiva militar sobre el Waziristan, la zona en què s'ocultava Mehsud, i a l'agost, després de diversos intents de localitzar-lo i posar fi a la seva vida, es va confirmar la seva mort. Com a resposta, els talibans van atemptar contra un comboi que transportava la selecció de criquet de Sri Lanka a la ciutat de Lahore.
Un tercer conflicte, el que enfrontaxiïtes i sunnites, també va continuar agreujant-se amb els atemptats comesos al febrer i al setembre.
Al mes de maig, el representant de l'Alt Comissionat de les Nacions Unides al Pakistan, John Solecki, que havia estat segrestat per un nou grup insurgent, el BLUF, va ser alliberat.
També es van mantenir, tot i que en un ambient de calma relativa, les tenses relacions amb l'Índia, malgrat la pervivència del conflicte entre ambdós països pel Caixmir i el perill nuclear subjacent a un possible enfrontament. El darrer punt de tensió va sorgir quan es va demostrar que els terroristes que havien protagonitzat l'atemptat de Bombai, al novembre del 2008, eren de nacionalitat pakistanesa. En un gest sense precedents, al mes de febrer les autoritats pakistaneses van admetre que els atemptats havien estat planejats al Pakistan, tot manifestant el seu compromís de capturar i jutjar els responsables (però no d'extradir-los). En el transcurs de la investigació, es va fer públic que un dels implicats en els atemptats que havia facilitat les comunicacions entre terroristes i els seus caps, ho havia fet des de Barcelona, abans de tornar al Pakistan, on va ser detingut.
Una darrera notícia va ser l'alliberament sota fiança d'Abdul Qader Khan, el pare del projecte nuclear pakistanès, que el 2004 havia confessat públicament haver subministrat tecnologia nuclear a països com Corea del Nord, l'Iran o Líbia, entre d'altres. En arrest domiciliari des d'aleshores, el polèmic científic va quedar lliure, un fet que els EUA van definir com "un risc per a la proliferació nuclear".
Finalment, també es van fer passos positius amb relació al suport internacional al Govern de Zardari, preocupat per pal·liar els efectes de la greu crisi econòmica que afecta el país. En una cimera internacional celebrada al mes d'abril al Japó, es va acordar una ajuda de més de 5.000 milions de dòlars, que s'havien de lliurar abans de dos anys. Els principals donants eren els EUA, el Japó, l'Aràbia Saudita i la Unió Europea.