Els moviments polítics de líders i grups es van avivar a mesura que s'acostava l'horitzó de les eleccions previstes per al 2013. Les tensions dins de la coalició de govern van seguir creixent i al juny van esclatar amb un judici polític contra el president, Fernando Lugo, a causa d'un incident molt greu succeït enmig del conflicte per la distribució de la terra. El Govern no va saber resoldre-ho i el violent desallotjament d'un grup de camperols que havien ocupat una finca va acabar amb disset morts entre policies i ocupants. L'oposició en va responsabilitzar el president, contra el qual va presentar un judici reprovatori al Senat, al qual el PLRA s'hi va sumar, trencant així la coalició i abandonant el Govern. El resultat va ser la destitució de Lugo i l'accés de Federico Franco, del PLRA, a la presidència amb la ratificació parlamentària. Aquest darrer havia estat vicepresident amb Lugo en les eleccions del 2008, però la relació entre ambdós no va funcionar gaire bé per disputes de poder. Tot seguit els partidaris de Lugo van considerar que s'havia produït un cop d'estat encobert i van cridar a la desobediència civil, moment a partir del qual es va obrir un període de tensions socials que podria durar amb intermitències fins a les eleccions convocades per a l'abril del 2013. Des de l'exterior, tampoc es va veure molt legal el procediment del canvi presidencial i les reaccions van ser de reprovació, començant pels països veïns, que van suspendre temporalment el Paraguai com a membre de Mercosur i de la UNASUR, però finalment no hi van haver sancions econòmiques. De tota manera l'evolució econòmica no va ser gaire favorable per la pèrdua del dinamisme del sector agrícola i la ramaderia, novament a causa de la sequera que va patir el país. En aquestes condicions van caure les exportacions de soja i carn, que són la principal font d'ingressos del país, i les previsions anuals calculaven una davallada del 2% del PIB.