Les difícils relacions amb Corea del Nord van marcar l'any 2009. Al gener, el rebuig del Govern nord-coreà a subscriure els acords bilaterals previs en matèria militar i política va suposar un cop dur per a Seül, que va veure incrementada la sensació d'inseguretat. Lluny de disminuir, aquesta sensació va créixer al llarg dels mesos següents a conseqüència de les decisions de Pyongyang de llançar diversos míssils sobre la mar del Japó, realitzar noves proves nuclears a gran escala, àmpliament condemnades per la comunitat internacional, o abandonar temporalment les converses a sis parts sobre la desnuclearització de la península. El Govern sud-coreà va intensificar la gestió diplomàtica per tractar de pal·liar aquesta situació i, juntament amb els esforços del Japó i la Xina, a la tardor va aconseguir un lleuger canvi en l'actitud del Govern nord-coreà, que es va mostrar favorable a tornar a les converses a sis bandes si els Estats Units acceptaven l'establiment d'un diàleg bilateral. Aquest canvi d'actitud va permetre també reactivar el programa de visites al mont Kumgang entre ambdues Corees, després que al mes de juliol l'exèrcit nord-coreà va abatre a trets una ciutadana sud-coreana que hi participava.
En l'àmbit de la política interior, la substitució del ministre de Finances Kang Man-soo, al gener, va motivar una crisi de govern que el president Lee Myung-bak va aprofitar per canviar els titulars de dos ministeris més. Lee Myung-bak va nomenar Hyun In-taek ministre de Reunificació, representant del corrent més dur de la política coreana de reunificació amb el nord. La cartera d'Administració Pública i Seguretat va ser assumida per Lee Dal-gon, que pocs dies més tard es va veure obligat a acceptar la dimissió del cap de la Policia Nacional, després d'assumir la responsabilitat de la mort de sis persones en uns enfrontaments amb okupes a la capital.
Pel que fa a l'àmbit econòmic, al principi d'any el Banc Central Coreà i diversos organismes financers internacionals van predir una important davallada econòmica del país per al 2009, que finalment no es va produir. En part, el manteniment de les taxes de creixement dels anys anteriors va ser possible gràcies a l'aprovació d'una dotació pressupostària addicional de 21.000 milions de dòlars, al març, per al sosteniment de l'ocupació, l'ajut a les famílies amb baixos ingressos o l'estímul econòmic de les províncies. A aquest manteniment, també hi va contribuir la posada en marxa d'un pla d'inversions a quatre anys per a modificar el model productiu sud-coreà i fer-lo ecològicament més sostenible.
En un altre ordre de coses, l'any va estar marcat també per la mort de dos expresidents: Roh Moo-hyun, que es va suïcidar al maig com a conseqüència de les acusacions de corrupció que pesaven sobre ell i que el van portar davant dels tribunals, i Kim Dae-jung, impulsor de la política de reconciliació amb Corea del Nord, que va morir a l'agost a causa d'una insuficiència cardíaca.