Les relacions amb França es van deteriorar de nou per la presentació, a càrrec del fiscal general ruandès, d’una demanda a la justícia francesa per a interrogar vint oficials francesos presents a Ruanda en el moment del genocidi, el 1994. El Govern francès sempre ha negat la participació dels seus militars en el genocidi, en el qual van morir unes 800.000 persones, en bona part tutsis. En canvi, la Comissió Mucyo, el 2008, va establir que militars francesos s’havien implicat en el genocidi. Com a resposta a la negativa a escoltar la petició de la justícia ruandesa, el president del país, Paul Kagame, no va descartar la ruptura de relacions diplomàtiques, que ja havien estat trencades entre el 2006 i el 2009. Amb l’Església catòlica les relacions van millorar després que la Conferència Episcopal ruandesa demanés perdó de manera genèrica, per primera vegada, malgrat que va seguir negant que l’Església, com a institució, hagués participat en el genocidi.