Les forces de la Missió de la Unió Africana a Somàlia (AMISOM) i del Govern de transició van ser atacades periòdicament per les milícies de Shebab, amb lligams amb al-Qaida, i Hizb al-Islamiya, els dos moviments sorgits del desmembrament de la Unió dels Tribunals Islàmics que va controlar Muqdiisho fins l'entrada dels soldats etíops, al desembre del 2006. En un atemptat contra el quarter general de l'AMISOM, al setembre, van morir 10 soldats de la força panafricana. Al febrer, en un atac, van morir 15 soldats. L'AMISOM, desplegada a partir del març del 2007, està integrada per 5.000 militars, aportats per Burundi i Uganda. Des de la retirada dels soldats etíops, al principi d'any, la força panafricana garanteix la seguretat del Govern de transició, incapaç per si mateix d'aturar les ofensives dels islamistes, que s'han fet forts en algunes zones, com Kismayo. Un dels caps de Shebab, el kenyà Saleh Nabbah, va ser mort en un atac dels helicòpters dels Estats Units. Amb la finalitat d'afeblir el moviment islamista, el Parlament va escollir com a president de la república, al gener, a Sheikh Sharif Ahmed, un exdirigent de la Unió dels Tribunals Islàmics. La manca d'una autoritat central, des de la caiguda del règim de Siad Barre, el 1991, ha propiciat que els pirates actuessin amb impunitat davant les costes de Somàlia. Amb el desplegament d'un dispositiu de vigilància dels països europeus, entre els quals destaca Espanya, es van reduir els segrestos contra mercants i pesquers. Això no obstant, de vegades els pirates van aconseguir capturar vaixells, com va ocórrer amb el pesquer basc Alakrana, el 2 d'octubre. A Somalilàndia, l'aplaçament de les eleccions presidencials que s'havien de celebrar al setembre va dete-riorar les relacions entre les formacions parlamentàries. La independència de So-malilàndia, un territori que correspon a l'antic protectorat britànic de Somàlia, no ha estat reconeguda per cap estat malgrat tenir unes institucions pròpies i una moneda.