Els combatents de dues formacions islamistes, al-Xabab i Hizb al-Islamiya, van continuar els atacs contra la Missió de la Unió Africana a Somàlia (AMISOM) i les forces que donen suport a l’afeblit Govern Federal de Transició (GFT). Entre les dues formacions controlen bona part del país, un territori en el qual instauren les seves normes, com l’obligatorietat en els homes de deixar-se barba i d’escoltar música occidental. El GFT, amb el suport dels més de 7.000 efectius de l’AMISON, tan sols té sota el seu control una part de Muqdiisho i algunes zones del país. L’expansió dels islamistes, amb especial d’al-Xabab, que manté vincles ideològics amb al-Qaida i logístics amb el Govern eritreu, preocupa les capitals occidentals i les veïnes Etiòpia i Djibouti. La Unió Africana (UA) també està alarmada per la capacitat de desestabilització d’al-Xabab, que es va atribuir els atemptats de Kampala (Uganda), al juliol, en els quals van morir 76 persones. La fragilitat del Govern Federal de Transició, integrat per famílies polítiques amb interessos divergents, també afavoreix els islamistes, que en algunes zones costaneres han establert una aliança amb els pirates que ataquen els vaixells.
En el GFT, les diferències entre el president de la república i el primer ministre van culminar amb la dimissió d’aquest, Omar Abdirashid Al Sharmarke, al setembre. Somàlia està presidida per Sharif Ahmed des del gener del 2009.
El caos de Somàlia contrastava amb l’estabilitat de Somalilàndia, on el 26 de juny es van celebrar eleccions generals sense que es registrés ni violència ni denúncies de frau. En les presidencials, Ahmed Mohamed Silanyo va obtenir el 49% dels vots, i Dahir Riyale Kahin, el 33%. El partit Kulmiye (Unitat), d’oposició i afí a Silanyo, va aconseguir la majoria parlamentària. Malgrat que disposa des del 1991 d’unes institucions que funcionen, cap Estat no reconeix la independència de Somalilàndia. Això no obstant, unes delegacions de Kenya, Djibouti i Etiòpia van assistir a Hargeisa a la cerimònia d’investidura de Silanyo, en una mostra de suport a un territori que és un exemple per a la resta de Somàlia i una muralla davant al-Xabab.