L’esclat d’una rebel·lió als estats de Kurdufan Sud i Nil Blau va obrir un nou front bèl·lic al president Umar al-Baixir, que va acceptar la independència del Sud del Sudan, el 9 de juliol. Al-Baixir va acusar el Govern del Sud del Sudan de donar suport als rebels del Moviment Popular d’Alliberament del Sudan-Nord (MPAS-N), que es queixen de la marginació del dos estats i de les polítiques d’islamització fomentades per Khartoum. Al Darfur, els enfrontaments van ser esporàdics, a causa de l’afebliment de la insurgència per les divisions internes i la pèrdua de l’ajuda líbia després de la caiguda del règim del president Moammar al-Gaddafi. Tanmateix, el Moviment de la Justícia i Igualtat va continuar actiu, amb una sòlida base social.
Malgrat l’ordre de detenció del Tribunal Penal Internacional (TPI) emesa al març del 2009, el president Baxir va viatjar a Pequín, per enfortir les relacions amb el seu principal aliat, la República Popular de la Xina, i va visitar diversos països africans. En canvi, els Estats Units van renovar les sancions en contra del règim de Baxir, al qual acusen de violacions dels drets humans en el conflicte de Darfur.
Amb el sud independent, en votar per la secessió en el referèndum de gener, van quedar per resoldre la delimitació de les fronteres en algunes zones i el futur de l’enclavament d’Abyei, ric en petroli.