Les protestes contra les mesures d'austeritat, les relacions tenses amb el Sudan del Sud, independent des del juliol del 2011, i la rebel·lió del Kurdufan van ser els principals problemes als quals es va enfrontar el president Umar al-Baixir, en el poder des del 1989. En les protestes, molt seguides pels universitaris a Khartum al final de juny, els manifestants van denunciar la pujada de preus dels productes de primera necessitat, com els combustibles, el blat i el sucre, i van criticar la devaluació de la lliura, la divisa nacional, del 40%, unes mesures que va prendre el Govern de coalició davant la crisi econòmica causada, en bona part, per la manca d'ingressos pel pas del petroli sud-sudanès. Al gener, disconforme per les tarifes, el Govern del Sudan del Sud va deixar d'exportar petroli per l'oleoducte que passa pel Sudan, però el petroli va ser bombat de nou al setembre, després de la reunió que va mantenir al-Baixir amb el president sud-sudanès, Salva Kiir, a Addis Abeba (Etiòpia). Amb Kiir, el president al-Baixir també va mantenir diferències en la qüestió de l'enclavament d'Abyei, que ha de celebrar un referèndum per a determinar si vol pertànyer al Sudan o al Sudan del Sud, i els límits fronterers entre els dos estats. Al-Baixir acusa Kiir d'estar al darrere de la guerrilla de l'Exèrcit d'Alliberament dels Pobles del Sudan-Nord (SPLA-N), molt activa al Kurdufan i també present a l'estat del Nil Blau. Per la seva banda, el Sudan del Sud responsabilitza el Govern sudanès de donar suport a una insurgència que combat a l'estat de Jonglei. L'aïllament internacional d'al-Baixir va quedar palès amb el bombardeig, a l'octubre, de la fàbrica d'armament de Yarmuk, al sud de Khartum, en un raid de l'aviació israeliana, segons el ministre d'Informació, Ahmed Bilal OSergio Maydeun. El Govern d'Israel, que no va assumir l'atac, considera que al-Baixir lliura a l'Iran unes armes que després van a parar a Gaza. Al-Baixir està acusat de crims contra la humanitat en el conflicte del Darfur pel Tribunal Penal Internacional (TPI), que va emetre una ordre de detenció al març del 2009, però, malgrat l'ordre de detenció, el president al-Baixir viatjava pel continent africà i el 2011 va visitar el seu principal aliat, la Xina.