Les relacions tenses amb el Sudan a causa de les diferències en l'estatut de l'enclavament d'Abyei (en els límits fronterers entre els dos estats i en les tarifes pel pas del petroli per l'oleoducte), els combats a Jonglei i les dificultats econòmiques, degudes a la manca d'ingressos, van marcar el primer any de vida del Sudan del Sud, independent des del 9 de juliol de 2011. Per llimar diferències, els caps d'estat dels dos països, el sudanès, Umar al-Baixir, i el sud-sudanès, Salva Kiir, es van reunir al setembre a Addis Abeba, Etiòpia. En la reunió van acordar crear una zona desmilitaritzada de 10 km a banda i banda del límit fronterer i es va pactar el preu pel pas del petroli per l'oleoducte sudanès, un fet que va permetre que el Govern sud-sudanès reprengués les exportacions de petroli. Al gener, en resposta a la política de preus practicada pel Govern del Sudan, el Sudan del Sud va suspendre les exportacions de petroli. Malgrat l'acord d'Addis Abeba, les relacions van romandre tan tenses com abans, amb acusacions mútues de suport a les insurgències respectives i sense solucionar el cas d'Abyei, l'enclavament que ha de decidir mitjançant referèndum si vol pertànyer al Sudan o al Sudan del Sud. Quant a les insurgències, el Govern sudanès acusa el Sud de donar suport a la guerrilla de l'Exèrcit d'Alliberament dels Pobles del Sudan-Nord (SPLA-N), que actua al Kurdufan. Per la seva banda, el Govern sud-sudanès responsabilitza el Sudan d'armar les milícies que combaten a Jonglei. En el seu litigi amb el país veí, el president Kiir té el suport diplomàtic dels Estats Units, com va quedar palès amb la visita de la secretària d'estat, Hillary Clinton, a Juba al mes d'agost. Sense els ingressos del petroli durant nou mesos, el Govern es va quedar sense recursos, amb una dependència de l'ajuda internacional per fer rutllar l'administració. El petroli, amb 350.000 barrils diaris, és el principal producte d'exportació i aporta el 98% dels ingressos del Govern.