La rebel·lió de Riek Machar, destituït de la vicepresidència pel president Salva Kiir al desembre juntament amb Pagan Amum, secretari general del Moviment Popular d’Alliberament de Sudan (SPLM, en el poder), va amenaçar de derivar en una guerra civil. Ambdós són rivals polítics de Kiir que tenen popularitat entre part dels sudsudanesos, en especial els nuers.
Abans de la rebel·lió, els principals reptes als quals es va enfrontar Kiir van ser les diferències amb el Govern de Sudan per l’enclavament d’Abyei i la rebel·lió a l’estat de Jonglei. En la qüestió d’Abyei, un territori ric en petroli entre les repúbliques del Sudan del Sud i Sudan, els presidents dels dos països, Kiir i Umar al-Baixir, respectivament, es van reunir diverses vegades per intentar buscar una solució al principal contenciós des de la separació del sud, al juliol del 2011. Segons l’acord de pau que va posar fi a la guerra (2005), Abyei havia de celebrar un referèndum per decidir si romania al Sudan o s’incorporava al Sudan del Sud, el mateix dia del referèndum del Sudan del Sud, al gener del 2011, però la consulta no es va fer per diferències sobre el cens. Per això, la tensió a la zona no ha disminuït, malgrat el desplegament d’una força de les Nacions Unides (UNISFA) formada per uns 4.000 soldats etíops, i el compromís l’any 2012 de crear una zona desmilitaritzada de 10 km als límits amb Abyei. Kiir, que va responsabilitzar el Govern sudanès de donar armes a les rebel·lions del sud, va amenaçar de tallar el pas del petroli per l’oleoducte que va cap a Port Sudan. Per la seva banda, Al-Baixir va acusar Sudan del Sud d’estar darrere la insurgència del Kurdufan.
A l’estat de Jonglei, hi van continuar els atacs d’una guerrilla encapçalada per David Yau Yau, que rebutja l’amnistia concedida per Kiir. Un altre grup, en canvi, el Moviment d’Alliberament de Sudan del Sud (SSLM), sí que va acceptar l’oferta de desmobilització del president.