L'any 2009 un dels punts destacats de la política taiwanesa va ser el judici de l'expresident Chen Shui-bian i alguns membres de la seva família, acusats de diversos delictes de blanqueig de diners, tràfic d'influències i corrupció. El judici va començar al març enmig de les protestes de l'entorn de l'expresident, que també es va oposar personalment al procés i va iniciar una vaga de fam, amb motiu de la qual va haver de ser ingressat a l'hospital al maig. Després de gairebé sis mesos de polèmiques, Chen Shui-bian va ser condemnat a cadena perpètua al setembre i només un mes més tard van sorgir noves acusacions per altres delictes de corrupció política.
Així mateix cal destacar les converses entre el primer ministre taiwanès i el seu homòleg de la República Popular Xinesa. Wen Jiabao va pronunciar al març un discurs en què va confirmar la cooperació econòmica amb Taiwan i la seva participació en algunes organitzacions internacionals. Gràcies a aquest canvi d'actitud, Taiwan va poder participar per primera vegada en la 62a sessió anual de l'Organització Mundial de la Salut al maig. En part com a resposta, el president taiwanès es va negar a rebre el dalai-lama en una visita que aquest va realitzar a l'illa i el Govern va prohibir també les visites al seu territori del fundador del culte Falun Gong --declarat il·legal a la Xina-- i de Rebiya Kadeer, acusada d'haver fomentat la violència ètnica a la província de Xinjiang. Aquests gestos es van traduir en l'anunci de la posada en marxa de converses per a aprovar un tractat de lliure comerç entre Pequín i Taipei cap a la meitat de l'any, però no van gaudir del suport d'un dels principals partits de l'oposició taiwanesa, el Partit de la Democràcia Progressiva. Aquest va organitzar diverses manifestacions com a protesta contra la política governamental al·legant que les negociacions s'estaven portant en secret i al marge del poder legislatiu.
En l'àmbit econòmic, Taiwan va patir els efectes de la crisi econòmicainternacional, tot i que va enregistrar una taxa de creixement anual propera al 2,5%. En part per a pal·liar-ne els efectes, la cambra legislativa va aprovar a principis d'any una llei que permet les apostes a les illes, especialment a l'arxipèlag de Penghu, amb l'objectiu de rellançar-hi l'economia mitjançant la construcció de diversos casinos.
En el capítol de les catàstrofes naturals, Taiwan va patir a l'agost els estralls provocats pel tifó Morakot, el qual va causar almenys 700 víctimes mortals, prop de 3.500 desplaçats i importants pèrdues econòmiques.