L’any 2013 va estar marcat per l’estancament de l’economia taiwanesa, que, per segon any consecutiu, va mostrar un creixement inferior al 2%. La caiguda en les exportacions manufactureres, principal motor del país, unida a una baixada en les inversions i la despesa pública, va limitar el creixement a l’1,66%. En un marc de creixent desconfiança de l’opinió pública en l’executiu, el president va precipitar un canvi en el gabinet al febrer, amb la substitució del primer ministre Sean Chean pel viceprimer ministre Jiang Yi-huah. Al setembre, Ma Ying-jeou va destituir l’influent portaveu del Yuan , Wang Jin-pyng, per diverses acusacions de tràfic d’influències. Al maig, el Govern va anunciar un paquet d’estímul econòmic i més inversions, així com una liberalització més accentuada de les relacions comercials amb el principal soci de Taiwan, la República Popular de la Xina.
Així, l’any 2013, les relacions entre Taipei i Pequín van estar marcades, de nou, per la cordialitat. Altament simbòlics van ser l’increment de la quota de visitants del gegant asiàtic en un 50%, fins a 3.000, o l’augment de vols directes per l’estret a 828 per setmana. La creixent tensió entre la Xina i el Japó per la sobirania de les illes Senkaku/Diaoyu, però, va situar Taiwan (part també en el litigi) en una situació compromesa, especialment des de l’acord assolit amb el Govern nipó, a la primavera, per permetre l’acostament d’embarcacions taiwaneses a 12 milles nàutiques de les illes en disputa. En un altre ordre de coses, les relacions de Taiwan amb les Filipines es van tensar al febrer amb la mort d’un pescador sota foc filipí en una intersecció de les seves zones econòmiques exclusives. El Govern taiwanès va decretar la suspensió de les relacions diplomàtiques i la vigència de nombrosos tractats comercials, així com la prohibició de nous permisos laborals per als filipins i l’expatriació dels treballadors del país amb un permís caducat. El conflicte va arribar a la seva fi a l’agost, amb una disculpa oficial del Govern filipí. Les relacions amb els Estats Units es van mantenir correctes, amb l’establiment de diversos acords empresarials. Finalment, Taiwan va ser testimoni d’un retrocés en matèria de drets humans, amb la condemna a mort de sis persones al llarg de l’any per crims greus.