L’any 2016 va estar marcat pels primers passos del primer ministre, Rui Maria de Araújo, al capdavant del Govern d’unitat nacional entre el Congrés Nacional per a la Reconstrucció de Timor Oriental (CNRT) i el Front Revolucionari per a un Timor Independent (FRETILIN). Si bé el nou executiu va exhibir estabilitat, va créixer la preocupació per la inexistència d’una oposició real de cara a les eleccions presidencials del 2017, i diverses veus van denunciar l’enorme influència que encara exercia Xanana Gusmão, primer president del Timor independent i exprimer ministre, en el Govern d’Araújo. I és que Gusmão, que havia incidit en la composició del Govern, es va mantenir a l’executiu creant un ministeri per a ell mateix, el Ministeri de Planejament i Inversió Estratègica. En aquest context, el president, Taur Matan Ruak, va mantenir una relació molt tensa amb els partits del Govern, i va denunciar una mala gestió del fons d’ingressos derivats del petroli i va acusar Gusmão i l’exprimer ministre Alkatiri (FRETILIN) d’haver-se enriquit il·lícitament. Ruak, que al desembre del 2015 havia intentat bloquejar sense èxit els pressupostos de l’any següent, va xocar frontalment amb el Govern al febrer, quan es va negar a renovar en el seu càrrec el comandant de l’exèrcit. Amb el Parlament en contra, es van disparar les veus que demanaven una reprovació de Ruak, que finalment no es va materialitzar.
En l’àmbit de les relacions internacionals, el Tribunal Permanent d’Arbitratge de la Haia va desestimar les al·legacions d’Austràlia per evitar negociar res que li fes perdre control sobre el petroli i el gas de la zona marítima en pugna amb Timor, i es va obrir el camí per a les converses entre ambdós països.
Pel que fa a l’economia, el Govern va haver de tornar a fer front a un enorme dèficit, marcat per una caiguda en la producció de gas i petroli, principals fonts d’ingressos al país. D’altra banda, les reserves financeres es van veure encara més reduïdes, a causa de la creixent inversió en infraestructures i l’aposta per noves zones econòmiques especials. Amb tot, el creixement econòmic es va mantenir en un 5%. Durant l’any, Timor Oriental va enfortir els seus vincles econòmics amb la Xina.