Durant l’any 2016 el Govern del país va patir diverses crisis de confiança. El 4 de gener es van nomenar 12 nous ministres per a intentar millorar l’efectivitat governamental en la lluita contra el terrorisme i reactivar l’economia. Tanmateix, es va produir una nova escissió dins del partit governamental Nidaa Tounes. Tan important o més va ser la pèrdua de la confiança parlamentària en el Govern encapçalat per l’anterior primer ministre, Habib Essid, i la seva substitució per Youssef Chahed, del Nidaa Tounes. El 20 d’agost es va presentar el nou Govern d’unitat nacional, que va rebre el suport del Parlament per 167 vots a favor i 22 abstencions.
Ennahda, el partit que havia quedat en segon lloc en les eleccions del 2014, va tornar a recuperar la posició de primera força parlamentària gràcies a les defeccions de membres del Nidaa Tounes. El partit liderat per Rachid Ganouchi també va ser notícia el dia 20 de maig. En el marc del seu congrés, el partit es va distanciar del seu passat islamista i el seu líder va afirmar que Ennahda havia esdevingut un partit nacional i democràtic i volia mantenir la religió allunyada del combat polític.
Una economia que creix lentament (menys d’un 2% l’any 2016) i unes desigualtats territorials flagrants van comportar protestes socials. El 14 de gener, coincidint amb l’aniversari de la caiguda de Ben Ali, un jove aturat va suïcidar-se a la ciutat de Kasserine i poc després van produir-se disturbis en aquesta província del sud-oest del país i enfrontaments amb la policia. Les protestes per la manca de llocs de treballs es van anar estenent per tot el país, fins al punt que el 22 de gener es va declarar el toc de queda.
Juntament amb els problemes socials, la principal preocupació del país va continuar sent l’amenaça terrorista. Membres de l’organització Estat Islàmic van intentar conquerir la ciutat de Ben Guerdane, propera a la frontera amb Líbia. Aquest atac va tenir com a resultat 55 morts i un fort desplegament de forces de seguretat en aquesta ciutat per a evitar que l’organització terrorista s’establís en territori tunisià. Amb l’objectiu d’eradicar aquesta amenaça, el Govern de Tunísia va tenir el suport dels seus socis europeus, i molt especialment del Regne Unit i d’Itàlia, que van enviar efectius a aquest país per a assessorar i reforçar les accions de les forces de seguretat locals. L’atac de Ben Guerdane també va augmentar la preocupació per la capacitat desestabilitzadora del conflicte a Líbia i va accelerar la construcció d’un mur a la frontera entre els dos països.
Altres incidents arreu del país entre forces de seguretat i cèl·lules terroristes van confirmar que aquesta amenaça no estava circumscrita al sud del país i que no només era un problema importat de Líbia. El 18 d’octubre el president, Béji Caïd Essebsi, va anunciar que es prolongava l’estat d’emergència, en vigor des dels atemptats del novembre del 2015 contra un autobús que transportava efectius de la guàrdia presidencial.
Finalment, cal destacar que el 18 de novembre van començar les primeres audiències públiques de la Comissió per la Veritat i la Dignitat a Tunísia. L’objectiu és aclarir els abusos que s’han produït des de l’any 1955 i reparar, encara que només sigui moralment, el dany causat a les víctimes.