La decisió del president Yoweri Museveni de limitar el poder de les autoritats tradicionals va provocar la reacció dels seguidors del rei dels bagandes, Mutebi II, que es van manifestar per Kampala, al setembre. En els disturbis van morir unes 20 persones. El Govern va acusar el president libi, Moammar al-Gaddafi, i l'opositor Fòrum pel Canvi Democràtic (FCD) de donar suport als monàrquics. En arribar al poder per les armes, el 1986, Museveni va restablir les autoritats tradicionals, combatudes pels règims anteriors, en especial el de Milton Obote. Museveni no els va donar poder polític, però sí un paper cultural, simbòlic i de mediació entre la seva comunitat i l'Administració. Més de la meitat dels ugandesos són bagandes. En el combat als reductes de l'Exèrcit de Resistència del Senyor (LRA), que dirigeix Joseph Kony, les Forces Armades van travessar la frontera amb la República Centreafricana i la República Democràtica del Congo. Kony es va traslladar als països veïns per fugir de l'ofensiva dels militars al nord d'Uganda, que havia estat la zona d'influència de la guerrilla. A l'est de la República Centreafricana i el nord-est del Congo, l'LRA es dedica a saquejar els camperols i estendre el terror. Kony es nega a desmobilitzar-se, com estableix l'acord de pau del 2006, si no es retira el mandat del Tribunal Penal Internacional (TPI) en contra seva. L'economia va mantenir el seu creixement, del 5,6% l'any 2009, gràcies a la producció agrícola i les inversions en els serveis. En la lluita contra la sida, el Govern presenta uns bons resultats, amb una reducció del percentatge d'adults infectats, que del 18% el 1992 va passar al 6% el 2008.