Fou fundat l’any 1922 amb el nom de Football Club la Jonquera, i tingué una trajectòria intermitent fins a la Guerra Civil. Durant els anys quaranta fou refundat amb el nom actual. Aleshores disputava el campionat d’aficionats. A partir dels anys noranta passà a categoria territorial. En l’edició de 2011-12 es proclamà campió de segona catalana i ascendí a primera. S’entrena al camp municipal de les Forques. Té equips de futbol de base i un de femení.