Fill d’una família de mercaders, estudià lleis i cànons, teologia, llengües, matemàtiques i altres disciplines, sempre a València. Rebé ordes menors i un benefici a la catedral. D’esperit lliure, atacà l’estil retòric de la predicació, la superficialitat d’algunes pràctiques religioses i no s’estigué d’acusar de sàtrapes els inquisidors. Amic de Pere Joan Nunyes i de Gaspar de Centelles, sostingué amb aquest darrer una correspondència, entre el 1554 i el 1562, en castellà (amb expressions col·loquials en català i llatí), informant-lo de les novetats bibliogràfiques de París i Basilea i de les incidències de la pietat valenciana. A més, li proporcionà llibres, que feia dur de Lió, primordialment d’exegesi bíblica —Erasme, Robert Estienne, Isidoro Clario, Johannes Gropper—, però també de Pausànies, de Climent d’Alexandria o, curiosament, el Pantagruel de Rabelais. El 1559, en fer-se públic l'Índex, tenia a punt de publicar la seva versió catalana del Llibre de Job. En ésser arrestat Gaspar de Centelles per la inquisició (1563), li fou trobada la correspondència, i Conques fou igualment empresonat. Testificaren a favor d’ell, però, catedràtics com Jaume Ferrús o Llorenç Palmireno, l’arquebisbe cristopolità Joan Segrià i el governador de València Lluís Ferrer; la sentència es reduí a abjuració pública i reclusió al convent del Socors durant dos anys. En fou alliberat, gràcies a la seva bona conducta, el 1566. El Llibre de Job, que és l’única traducció catalana de la Bíblia feta al s XVI, fou publicat el 1976 per Jaume Riera i Sans tot i que hom l’havia considerat perdut.