Els seus orígens es remunten al taller artesanal d’Isaac Carasso, un jueu d’origen búlgar que el 1919 inicià la producció de iogurts. El 1923 es construí la primera fàbrica a Barcelona i el 1927 a Madrid. Dos anys després fou creada la Société Danone a París. En 1941 el fill del fundador, i successor des del 1939 d'ambdues empreses, Daniel Carasso, anà als Estats Units, on fundà Dannon, i el mateix any es constituí a Barcelona Danone SA, empresa amb capital majoritàriament català dirigida per Lluís Portabella fins al retorn de Carasso. A partir del 1959 l'empresa inicià un fort creixement, que el convertí en la primera empresa de l’Estat espanyol en el camp dels derivats lactis. D'altra banda, fruit d'un llarg procés de fusions amb la francesa BSN Gervais, dedicada a la fabricació d'envasos de vidre, l'empresa Danone francesa constituí el 1973 BSN Gervais-Danone, que el 1994 adoptà el nom de Groupe Danone, el qual s'emparà progressivament de Danone SA. Un any abans fou creat l'Institut Danone, dedicat als estudis sobre nutrició. El 2013 la multinacional francesa en controlava el 57%, percentatge que el 2015 passà al 91%. A l'Estat espanyol, té fàbriques a Madrid, Parets del Vallès (Catalunya), Aldaia (País Valencià) i Salas (Astúries).