Consta de dues seccions: el Museu Arqueològic, instal·lat dalt Vila aprofitant les fortificacions del s. XVI, que conté els fons generals de l’illa, i el Museu Monogràfic des Puig des Molins, amb edifici propi a l’eixample de la ciutat, que conté exclusivament materials d’aquest jaciment. La base de tots dos són els objectes cartaginesos d’Eivissa, sobretot dels s. V al III aC.