Fou fundat el 1402 per la reina Maria de Luna, muller de Martí I, en acció de gràcies per la pacificació de Sicília; el 1404 s’hi instal·là una comunitat de 15 frares, que el 1413 fundaren una filial propera a Morvedre, a l’església de Sant Blai. El 1456, per pèrdua de les rendes deixades per la reina fundadora, començà una època de crisi per al convent, que arribà a ésser abandonat pels franciscans el 1497 per cedir-lo a les monges clarisses de la Trinitat de València, que volien traslladar-s’hi. Fracassat aquest intent, els frares hi retornaren el 1501. Fou objecte d’un atac de pirates barbarescs el 1545 i restaurat i fortificat el 1547. El 1612 s’intentà una permuta del convent amb els cartoixans del Puig, que tampoc no es portà a terme. El 1681 fou reedificat el claustre i una bona part del convent, i el 1690 l’església actual. A la fi del s XVIII el convent fou cedit per a seminari de missioners franciscans i ampliat amb l’hostatgeria i altres edificacions. Durant la guerra del Francès (1811-13) fou hospital de sang, i exclaustrat i espoliat el 1835. Els franciscans hi retornaren el 1878, restauraren el convent i l’església i edificaren l’ermita neogòtica dels Desemparats i altres edificis, que configuren l’actual estructura del convent, on no resten gaires elements de valor artístic o arqueològic. És un lloc de devoció popular i de concentració folklòrica i festiva: el romiatge de la festa de Sant Francesc (4 d’octubre) aplega gent de la comarca, de l’Horta i del Camp de Túria.