El primitiu convent fou fundat el 1232 al solar de la mesquita d’Almet Jalafà, però vers el 1280 fou permutat amb el de les monges augustinianes i hom inicià la construcció de l’actual convent, afavorit per Jaume II i en el qual prengué l’hàbit l’infant Jaume, hereu del regne de Mallorca. L’església actual, la més important de Mallorca després de la catedral, es construí entre el 1281 i el 1317. En 1377-90 hom substituí la coberta de fusta per les voltes actuals, de vuit trams, als quals correspon una capella lateral per banda. La nau, exemple típic del gòtic català, té 64 m de llargada per 15 d’amplada, amb absis poligonal i les capelles laterals. Un incendi a la fi del s. XVI fou causa de la renovació dels dos últims trams de la volta i de la construcció de la portada barroca, planejada per Pere Orrac el 1663 i executada per Francisco Herrera el 1690; és una obra d’un gran treball i mèrit, de barroc insular, amb records platerescs. En una capella de l’absis hi ha la tomba de Ramon Llull, obra de Francesc Sagrera (1487). El claustre, construït entre el 1287 i el 1390, és una obra gòtica d’esveltes columnes però amb els calats gòtics dels arcs molt malmesos per la rude qualitat de la pedra; es troba entre l’església, l’oratori de la Germandat i dues ales del convent. El convent de Sant Francesc tingué molta importància en la vida mallorquina dels s. XIII i XIV, profundament amarada de franciscanisme. Fou també un centre cultural, del qual resta encara l’antiga aula de gramàtica. La capella de Nostra Senyora dels Àngels o de la Germandat té al seu costat un petit claustre, que fou el dels novicis i que és una còpia reduïda del conventual. Després de l’exclaustració del 1832 el convent serví de seu del govern militar, de caserna i de presó, fins que, molt malmès, fou retornat als franciscans (1906); aquests, però, li han donat nova vitalitat. Té adjunts una biblioteca i un petit museu.