Fou erigit vers el 1100 i era filial de Sant Miquel de Cruïlles (Baix Empordà). La comunitat, amb el prior Ponç, hi consta des del 1146. Era formada pel prior, dos monjos i dos beneficiats, un dels quals tenia cura de la capella de Santa Margarida, situada prop de l’actual cementiri de Martorell, on fou traslladat el culte de Sant Genís després que el castell de Rocafort fou volat per les tropes de Felip V (1713). A Rocafort romanen les restes de l’església de Sant Genís (refeta al pas del s XII al XIII). Des del s XV hi hagué només prior, sense comunitat.