Té el seu precedent en l'Institut Català de la Mediterrània d'Estudis i Cooperació (ICM), creat el 1989, organisme autònom de la Generalitat de Catalunya. Refundat el 2002 amb l’entrada dels dos nous coparticipants i el canvi de nom, les seves activitats s’estructuren en quatre grans àrees: identificació, debat i propostes sobre els problemes que afecten l’espai mediterrani; promoció del coneixement mutu entre les seves diverses regions i cultures; foment del diàleg, la pau i el desenvolupament; contribució al foment de les inversions estrangeres, singularment al Magrib i projecció mediterrània de les administracions que formen part dels òrgans de govern de l’IEMed. El director és Andreu Claret.