En les primeres eleccions democràtiques del país, el 1993, es presentà com a candidat del Moviment Nacional per a la Societat i el Desenvolupament (MNSD), però quedà en l’oposició, davant Mahamane Ousmane. L’any 1996, un cop d’estat posà fi al govern i a la vida d’Ousmane i foren convocades unes noves eleccions, que Tandja tornà a perdre. Finalment guanyà els comicis del 1999 i esdevingué president, càrrec que renovà en les següents conteses electorals. El maig del 2009, el projecte de convocar un referèndum que li permetés presentar-se a un tercer mandat fou rebutjat pel Tribunal Constitucional. En resposta a aquesta negativa, al juny dissolgué el parlament, decretà l’estat d’emergència i assumí tots els poders, i a l’agost celebrà el referèndum, que guanyà davant les protestes de l’oposició i de la Comunitat Econòmica dels Estats de l’Àfrica Occidental (ECOWAS), organització que Tandja havia presidit entre el 2005 i el 2007, i que arran de l’autocop d’aquest n’expulsà temporalment el Níger el 2009. El mes d’octubre d’aquest any, convocà eleccions presidencials i revalidà el càrrec, però fou enderrocat i empresonat en un cop d’estat el febrer del 2010, després del qual l’exèrcit instaurà una junta militar enmig de les protestes tant de les institucions africanes com internacionals i de França. El maig del 2011, dos mesos després de restablir-se el govern civil, fou alliberat sense càrrecs.