N'és el secretari Climent i Corberà, Eliseu), i té la seu a l'edifici Octubre de València. Té com a activitats principals l’estudi i la difusió dels membres d'aquesta família valenciana, central en la història dels Països Catalans i europea del Renaixement, tant pel que fa a la documentació factual com a la projecció en l'imaginari col·lectiu. Acull material de caràcter divulgatiu i també especialitzat. Pel que fa al primer, cal esmentar les seccions de Filmografia i Rutes, sèrie d’itineraris històrics que ressegueixen la presència històrica i artística dels Borja. En l'especialitzat, cal esmentar la Bibliografia Borja, arxiu que reuneix de manera ordenada tot el material publicat, i la Revista Borja, que edita articles, monografies i treballs d'investigació inèdits. El 2007 rebé del Vaticà còpies dels documents secrets dels papes Calixt III i Alexandre VI, arxiu de gran importància històrica que la Generalitat Valenciana eludí reiteradament custodiar, motiu pel qual fou finalment dipositat a l'Arxiu Nacional de Catalunya (juny del 2014).