El seu pare, militar de professió, era director d’una banda de l’exèrcit a Reus i d’ell rebé les primeres nocions de música. A partir de nou anys començà a tocar en la mateixa banda militar. Més tard el seu pare fou destinat a Còrdova. Fou en aquesta ciutat que el jove Nieto, que només tenia quinze anys, estrenà la seva primera sarsuela, La toma de Tetuán (1860), una obra de caràcter patriòtic ambientada a l’Àfrica. El 1861 es traslladà a Badajoz i el 1869, a Valladolid, ciutats on exercí com a professor de piano i director d’orquestra. Des del 1871 residí a Madrid, on dirigí els cors del Teatro Real i del Teatro Rossini. Compongué un nombre important de sarsueles -unes 200-, la major part de les quals eren obres inspirades en esdeveniments de l’època, fet molt usual aleshores, i passaven ràpidament de moda. Una de les composicions més celebrades fou El gorro frigio (1888), un sainet en prosa. Destacaren també Certamen nacional (1888) i Cuadros disolventes (1896), cadascuna de les quals es representà més de cent vegades durant l’any de l’estrena. Algunes fonts -des dels diccionaris de Pena i Anglès, fins a altres obres més especialitzades en sarsuela- confonen el nom de Nieto, i li diuen Miquel. Pel fet d’aparèixer en bona part de les partitures de l’època la signatura M. Nieto, la confusió es perllongà. Tanmateix, les memòries de Sinesio Delgado, els dibuixos de la premsa de l’època i els estudis de Casares l’anomenen Manuel.