Rebé les primeres nocions de música al Seminari Patriarcal de Lisboa, on ingressà el 1771, on més tard és documentat com a cantant i organista. El 1785 fou nomenat director al Teatro do Salitre, de Lisboa, per al qual compongué diverses obres líriques, com l’opereta A castanheira, que fou molt popular. El 1792, gràcies a la protecció de la monarquia i l’ajut econòmic del govern, pogué anar a Nàpols a ampliar els seus estudis. Allí compongué prop de vint-i-una òperes, que foren estrenades en diferents teatres italians. Entre les composicions de l’època napolitana destaca Le confusioni della somiglianza, estrenada a Florència i en diversos teatres europeus. En retornar el 1800 a Lisboa, ocupà les places de mestre de la capella reial i de director del Teatro San Carlos. Fou el compositor portuguès més important del moment. Les seves òperes italianes i operetes en portuguès foren conegudes arreu d’Europa i fins al continent americà. Durant la invasió napoleònica, M.A. Portugal no seguí la família reial, que es traslladà al Brasil, sinó que romangué a Lisboa fins el 1810. El 1809 compongué la cantata La speranza, que fou adoptada com a himne nacional. El 1811 marxà a Rio de Janeiro, on marcà els gustos musicals del Brasil del moment. Quan la cort retornà a Portugal, es quedà al Brasil, on li fou encarregat l'Hino da indêpendencia, estrenat el 1822. Compongué trenta-cinc òperes en italià i vint-i-una operetes en portuguès. Juntament amb A.L. Moreira, fou un dels primers a escriure òperes emprant llibrets en portuguès, tot i que l’estil era deutor del teatre napolità, un llenguatge que Portugal coneixia i dominava amb gran precisió.