S’inicià en el cant i en l’estudi de l’orgue i el violí a Jihlava (1770-71). Posteriorment es traslladà a Olomouc per estudiar teologia, però cap al 1776 era a Viena, on exercí de mestre de cor i prosseguí els estudis musicals amb J.M. Kraus. El 1784 fou nomenat director musical de la casa del comte Esterházy, i l’any següent esdevingué director de l’orquestra del Kärtnerthortheatre de Viena, tot just creat, càrrec al qual afegí la direcció del Burgtheater fins a la seva mort. Fou amic de W.A. Mozart i de F.J. Haydn, i la seva òpera Oberon, König der Elfen ('Oberon, rei dels verns', 1789) influí en La flauta màgica del músic de Salzburg. També mantingué amistat amb L. van Beethoven, de qui dirigí l’estrena de la Primera simfonia. És autor de cinquanta-una simfonies, com ara la Gran Symphonie caractéristique pour la paix avec la République Française (1793), i cinquanta-sis quartets, entre altres obres de cambra. En el seu catàleg també figuren deu òperes, singspiele i ballets. Les seves simfonies foren celebrades per haver fet evolucionar el Classicisme vienès cap a formes més inventives i cantables, enriquides amb elements del folklore txec, en uns primers passos cap al Romanticisme.