D’origen humil i formació autodidàctica, és considerat un dels pares de la música xilena. Inicià la seva carrera compositiva en el moment en què Xile començava a autoafirmar-se com a nació. Zapiola, juntament amb M. Robles, fou dels pocs músics nadius importants de l’època al seu país, ja que la gran majoria dels que hi eren actius provenien d’altres estats sud-americans o bé d’Europa. A només vint-i-quatre anys dirigí l’orquestra del Teatro Nacional de la capital. Dirigí també la capella de música de la catedral de Santiago, on deixà nombroses composicions religioses. El 1842 fundà una agrupació simfònica. Formà part de diferents bandes en qualitat de clarinetista i també com a director. Juntament amb I. Zegers, participà en la creació del "Semanario Musical", primera revista xilena dedicada només a la música. És autor, entre altres obres, de l'Himno a la victoria de Yungay (1839), considerat un segon himne nacional pels xilens. Ordenà i començà a catalogar el ric llegat de l’arxiu musical de la catedral de Santiago.