Es coneix poca cosa sobre la seva biografia. En una data sense precisar del segle XVI fou el responsable de la capella musical dels ducs de Braganza a Vila Viçosa, Portugal. De la seva obra musical s’han conservat dos motets i dos himnes a quatre veus en un manuscrit portuguès, i dotze cançons i villancicos, la meitat dels quals a tres veus i l’altra meitat a quatre veus, en el Cancionero de Medinaceli. Aquestes composicions profanes demostren que Morata fou un dels compositors més inspirats del segle XVI ibèric.