Era germà petit del també compositor i mestre de capella de les catedrals de Santiago de Compostel·la i Palència Alonso Ordóñez. Devia estudiar amb Cristóbal de Morales quan aquest treballà com a mestre de capella a Palència, entre el 1528 i el 1531. En aquesta ciutat castellana s’ordenà de sacerdot i el 1539 ingressà com a cantor al cor de la Capella Pontifícia, a Roma. El 1551 passà a ocupar el lloc de mestre de capella de la catedral de Palència, vacant per la mort del seu germà. De la seva obra tan sols es coneixen dues composicions profanes, els sonets Ay mudo soy hablar no puedo i Ay fortuna cruel, arranjats per a tabulatura per Esteban Daza en el seu llibre Libro de música de cifras para vihuela intitulado el Parnasso (Valladolid, 1576).