Arribà a Salzburg l’any 1721, i cinc anys després ja era quart organista de la catedral, de la qual arribà a ser mestre de capella. El 1749 obtingué el mateix lloc a la cort, càrrec que conservà fins a la mort. Leopold Mozart valorà molt positivament l’obra d’Eberlin en una publicació del 1757 sobre la vida musical salzburguesa. L’any 1761 el seu oratori Sigismundus Hungariae rex fou interpretat en homenatge a l’arquebisbe, ocasió per a la qual comptà amb cent quaranta-sis músics i cantaires, entre els quals hi havia W.A. Mozart. Eberlin gaudí d’un ampli reconeixement, i la seva influència en la música religiosa de Salzburg fou decisiva. La música vocal -sobretot òperes, peces escèniques, intermezzi i oratoris- palesa una clara influència italiana, amb l’ús del recitativo secco i acompanyat, i extenses arie da capo. Compongué, també, obres litúrgiques -unes setanta misses- i obres per a orgue.