Es formà en acadèmies militars de les antigues colònies franceses de Costa d’Ivori i del Senegal, i el 1955 s’allistà a l’exèrcit francès, amb el qual lluità a la guerra d’Algèria (1957) . Integrat després de la independència (1958) a l’exèrcit de Guinea, el 1971 en fou nomenat capità en reconeixement a la seva actuació per a impedir un intent d’enderrocar Ahmed Sekou Touré l’any anterior. El 1975 fou promogut a adjunt del cap d’estat major i els anys següents participà en algunes missions internacionals. Diputat de l’oficialista Partit Democràtic de Guinea (1980), després de la mort de Sékou Touré 1984, dirigí un cop d’estat que enderrocà el govern provisional, suspengué la constitució i els partits polítics i es proclamà president del país a l’abril al front d’un Comitè Militar per a la Recuperació Nacional. El 1985 dugué a terme una dura repressió arran d’un intent de cop d’estat fallit. En l’àmbit econòmic, devaluà la moneda i reduí la despesa pública, mesures que, juntament amb el seu posicionament prooccidental, afavoriren les inversions estrangeres, bé que en conjunt el país restà en la pobresa per la corrupció i la manca d’aprofitament dels recursos naturals. El 1990, pressionat per l’onada de canvis de règim a l’Àfrica, Conté introduí un règim democràtic després de l’aprovació d’una nova constitució en referèndum. El 1992 creà el Partit de la Unitat i el Progrés, liderat per ell, i guanyà les primeres eleccions presidencials, celebrades el 1993, les quals l’oposició qualificà de fraudulentes, qualificació que es repetí el 1998 i el 2003, en què fou confirmat en el càrrec. El 1996 sufocà un cop d’estat i el 2005 sobrevisqué a un atemptat. Greument malalt des del 2006, els darrers anys del seu mandat la corrupció i les violacions dels drets humans associades al seu règim es multiplicaren, així com el malestar de la població i les protestes, que tingueren el punt culminant en una vaga general del gener de 2007. Després de la mort de Lansana Conté tingué lloc un cop d’estat i una junta militar prengué el poder.