En un primer moment, l’organitzà la Comissió Marathon Catalunya, i fou la continuïtat de dues maratons que es disputaren el 1978 i el 1979 a Palafrugell, amb el nom de Marató de Catalunya, denominació que rebé fins el 1998. Entre els anys 1990 i 2000, la prova tingué la sortida a la ciutat de Mataró (Maresme) i l’arribada a l'Estadi Olímpic de Montjuïc, a Barcelona. L’any 2005 no es disputà a causa de desacords entre els organitzadors i l’Ajuntament. Represa el 2006, organitzada per l’empresa RPM, l’Àrea d’Esports de l’Ajuntament, la Federació Catalana d’Atletisme i la Plataforma Marató a Barcelona, la prova inicià la seva millor època. L’any 2010 se superaren els 10.000 participants, el 2011 els 15.000, i el 2016 els 20.385, fet que la situa entre les maratons més importants d’Europa. El 2019 l’atleta de Bahrain Alemu Bekele establí el rècord masculí amb 2.06.04 h, i el 2017 l'etíop Helen Bekel aconseguí el rècord femení, amb 2.25.04 h.