L’església de Sant Pere de Milany degué ésser en els seus primers anys d’existència, la capella del castell de Milany, que esdevingué centre jurisdiccional dels termes de Vallfogona i Vidrà amb llurs parròquies. El castell és esmentat ja l’any 962, en una donació que Miró, levita, féu al monestir de Sant Joan de les Abadesses, d’un alou que per llevant limitava amb “ipso Rigato qui discurrit de Castro Melango”, encara que la “serra de Metano” apareix esmentada ja l’any 918. Posteriorment, l’església de Sant Pere de Milany actuà com a parroquial, i com a tal consta a les llistes de parròquies del bisbat de Vic, datada, la més antiga, entre els anys 1026 i 1050, mentre que les altres dues foren redactades abans del 1154. La seva funció com a parroquial devia durar fins als volts de 1550, època en la qual el castell de Milany era ja propietat de la família Pinós. Fins al segle XVII consta com a sufragània de Llaés, encara que continuï esmentada com a parroquial en les llistes del segle XVIII, però en aquesta època el seu terme ja s’havia repartit entre Llaés i Vallfogona. D’altra banda en la divisió que el segle XVIII es féu del terme jurisdiccional de Milany, en la baronia de Vallfogona i en la jurisdicció de Vidrà, Sant Pere de Milany fou inclòs en aquesta darrera. Actualment és inclòs al terme municipal de Vallfogona de Ripollès. Possiblement, l’edifici de l’església fou renovat entorn de l’any 1 295, quan Dalmau de Palou, que inicià la segona dinastia de cavallers de Milany, reedifica el castell. Els terratrèmols del segle XV malmeteren ambdues edificacions, però mentre el castell sembla que no fou reconstruït, car el seus moradors passaren a viure a la Sala, prop de l’església de Vallfogona, l’església de Sant Pere degué ésser renovada, puix que continuà amb les seves funcions de parroquial. En l’actualitat aquesta església ha desaparegut totalment, i hom no en coneix ni tan sols el seti, que probablement es confon amb les minees restes del castell de Milany.