Fundat al desembre del 1925, és el segon club amb més socis de la província de Girona. El primer president fou Joaquim Colomer. El 1926 construí la piscina i el camp de waterpolo i el 1930 organitzà per primera vegada el Campionat de Catalunya de natació, competició que acollí per segona vegada l’any 1993. Després de la Guerra Civil fou refundat l’any 1944. Des d’aquest any organitza la Travessia de l’estany de Banyoles, la primera edició de la qual guanyà Felip Sànchez-Babot, i des del 1995, la Mitja Marató del Pla de l’Estany. Fou seu dels Jocs Olímpics de Barcelona (1992) en les proves de rem.
Teresa Mas de Xaxars (en segon terme), del Club Natació Banyoles
Federació Espanyola de Rem
També organitzà el Campionat d’Europa (1961) i del Món (1971) d’esquí nàutic, el Campionat del Mediterrani (1966), el Campionat del Món de motonàutica (1966), el Match des Seniors de rem (1985), el Campionat del Món de rem (2004) i nombrosos Campionats d’Espanya de diversos esports. La secció de natació aconseguí els primers èxits en l’àmbit estatal els anys seixanta, moment que es creà l’equip de waterpolo. El nedador Joaquim Pujol fou el primer gironí que participà en uns Jocs Olímpics (1964). El 1967 inaugurà la piscina coberta. El 1968 l’entrenador Albert Stofberg, que també fou impulsor del salvament i socorrisme, aconseguí que l’equip de waterpolo ascendís a divisió d’honor, categoria on ha jugat diverses temporades. La secció de rem, creada el 1958, donà rellevància internacional al club. Anteriorment havia organitzat, juntament amb el GEiEG de Girona, el Campionat d’Espanya de rem (1947). Es popularitzà l’any 1951 amb la presència de Lluís Omedes i la selecció espanyola de rem, que preparava els Jocs Olímpics de Hèlsinki (1952). Des del 1957 ha organitzat nombroses vegades el Campionat d’Espanya de rem i el 1964 inaugurà el camp de regates internacional. Guanyà el Campionat d’Espanya en quinze ocasions (1971, 1972, 1974-79, 1981-85, 1990, 1991). En competicions internacionals destacà Fernando Climent, medalla de plata als Jocs Olímpics de Los Angeles (1984), i Teresa Mas de Xaxars, medalla d’or al Campionat del Món (2002). Fou nomenat millor club de rem d’Espanya en nombroses ocasions. En piragüisme, guanyà la primera medalla de plata en la prova de K4 del Campionat d’Espanya (1968). La secció es refundà el 1985, creà equips de categories inferiors i el 1998 guanyà la medalla d’or del Campionat d’Espanya, competició que organitzà el 1999. La secció de salvament i socorrisme fou reactivada per Gemma Carnero l’any 1997, amb notable èxit en l’àmbit estatal. La secció de caiac-polo fou creada l’any 1998. D’altra banda, el 1961 organitzà el primer cros del llac de Banyoles, i el 1966, la segona edició. El 1994 reactivà la secció d’atletisme amb un grup que participa en maratons i mitges maratons. La secció de triatló competeix en l’àmbit estatal i internacional, i el 2011 organitzà la Copa d’Europa de triatló. En diferents etapes el club també practicà futbol, basquetbol, handbol, gimnàstica, motonàutica, esquí nàutic i surf de vela. Imparteix cursos de rem, piragüisme i natació i classes de fitnes, aeròbic, pilates o taitxí. Les seves instal·lacions són utilitzades durant tot l’any per nombrosos clubs, universitats i seleccions europees de rem, piragüisme i natació. Acull el Centre Especialitzat de Tecnificació de Rem de Banyoles, gestionat per la Federació Catalana de Rem. Rebé el Trofeu Samaranch com a millor club d’Espanya (1960) i la placa al mèrit esportiu del Consejo Superior de Deportes (2009). De les seves files sortiren vint-i-tres esportistes olímpics, la majoria remers. El 2011 tenia 11.000 socis i més de 500 esportistes federats. L’any 2000 Gemma Busquets i Jordi Ferrer publicaren la història del club: Club Natació Banyoles, 1925-2000. També destaca la publicació d’El Rem a l’Estany de Banyoles (2004).