Es fundà el 1941, com a Federació Regional de Catalunya, i es refundà el 1982. El primer president oficial fou Pere Sust, però el primer que exercí realment el càrrec fou Josep Maria Farré (1943-49). El 1955, sota la presidència de José María Ceballos (1950-56), la responsabilitat de coordinar les activitats de l’handbol a Catalunya passà a mans de les delegacions provincials de la federació espanyola a Barcelona, Girona, Tarragona –creada un any més tard– i Lleida. La delegació de Barcelona exercí oficiosament molts anys com a federació catalana.
Presidents de la Federació Catalana d’Handbol
Els diferents presidents que hi hagueren en aquesta etapa foren José López de Miguel (1956-59), Juan Peris (1959-63) i Francesc Alís (1963-66). Els anys seixanta la seu es traslladà al carrer de Trafalgar de Barcelona. Entre el 1966 i el 1972 va ser nomenat president Robert Tendero, que més endavant seria president de la federació espanyola. Rere seu vingueren Joaquim Borràs i Joan Terré, que fou l’últim president fins a la creació de l’actual Federació Catalana d’Handbol, el 23 de desembre de 1982. El nou organisme va reunir les antigues federacions provincials, tal com manava la recent Llei de l’esport catalana. Els estatuts van ser acceptats en una assemblea extraordinària de juliol del 1995. En aquesta nova etapa els presidents, escollits per representants de clubs, jugadors i àrbitres, han estat Joan Casellas (1982-88), Josep Maria Mesalles (1988-92), Jaume Conejero (1993-2005), Tomàs Moral (2005-17) i Jaume Fort (des del 2017). Durant el mandat de Conejero la federació traslladà la seva seu al Parc Esportiu Guiera de Cerdanyola del Vallès. Des de la seva creació la federació organitza cada any les competicions d’àmbit català en totes les categories d’edat i ha experimentat un creixement de llicències i de clubs sostingut fins a arribar a les 12.000 llicències i als 115 clubs el 2012. A més, col·labora amb els centres de tecnificació d’handbol femení de la Residència Blume i del CAR de Sant Cugat i ha creat diversos programes de promoció com l’HandboliCat o la Diada de l’Handbol Femení Català.