Fou fundada l’any 1968 sota la presidència d’Antoni Figueras Fuertes, però els seus antecedents es troben en la Federació Catalana de Motorisme Marítim (1921) i, posteriorment, en la Delegació a Catalunya de la Federació Espanyola de Motonàutica. La motonàutica catalana havia contribuït decisivament a la creació de la Federació Espanyola, l’any 1965, gràcies a la victòria de Jaume Martínez Clotet al Campionat d’Europa de la categoria EU celebrat a Sant Feliu de Guíxols. Amb seu a Barcelona, es dedica a regular i difondre la motonàutica a Catalunya, i organitza les competicions d’àmbit català en les diferents modalitats de motos aquàtiques. L’any 2009 tenia 66 llicències federatives.
Cartell del Campionat del Món d’Endurance Class B, organitzat, entre d’altres, per la Federació Catalana de Motonàutica
Federació Catalana de Motonàutica