Fou fundat l’any 1908 amb el nom de Foot-ball Club Samboyano. Joan Baptista Milà Rebull en fou el primer president. El 1915 començà a disputar el campionat del Baix Llobregat, torneig que guanyà de forma consecutiva fins el 1922. El 1917 entrà a la federació catalana i començà a participar en la tercera categoria del Campionat de Catalunya. La temporada 1928-29 ascendí a segona i s’hi mantingué fins a l’edició 1934-35. L’equip realitzà la millor campanya en 1932-33, en quedar campió de grup, però no aconseguí l’ascens a primera categoria. Després de la Guerra Civil milità a categoria territorial fins que la temporada 1955-56 ascendí a tercera divisió. S’hi mantingué fins a l’edició 1960-61. Posteriorment, alternà aquesta categoria amb la primera regional, la preferent territorial i amb la primera catalana, de la qual es proclamà campió en dues ocasions (1995, 2004). La temporada 1977-78 també guanyà el Campionat de Catalunya amateur. En la campanya 2009-10 ascendí a segona B per primer cop després que la temporada 1995-96 no superés la promoció d’ascens a aquesta categoria. Només estigué una temporada a segona B i en l’edició 2011-12 tornava a militar a tercera, on fins aleshores ha actuat vint-i-quatre vegades. Juga a l’estadi municipal Joan Baptista Milà, inaugurat el 2004 i amb capacitat per a 2.500 espectadors. Disposa d’un ampli planter, inclosa una secció de futbol femení, amb nombrosos equips de futbol de base.
Partit del primer equip del Futbol Club Santboià de la temporada 2009-10
FC Santboià