Vers el 1940 fundà el Partit de la Resurrecció Àrab (Ba'ṯ) , panàrab i socialitzant, del qual fou nomenat secretari general (1942) i president (1947). El 1952 el grup es fusionà amb el Partit Socialista Àrab de Hawrānī. Des de la formació de la RAU (1958) el Ba'ṯ mantingué dues ales en el seu si, la més moderada de les quals fou encapçalada per Aflak, el qual, en ésser dissolta la RAU (1961), intentà encara una nova federació entre Egipte, Síria i l’Iraq. Aquesta ala assolí el poder a Síria al març de 1963, però en fou bandejada pocs mesos després (juliol de 1963) pel grup de Hawrānī, que el 1962 s’havia separat d’Aflak, el qual, destituït de la secretaria general a profit de Munīf al-Razzāz (maig de 1965), hagué d’exiliar-se al febrer de 1966 en produir-se un nou cop d’estat més esquerrà dirigit per Zuwayyin i al-Atāsī. Després de viatjar per Amèrica Llatina s’instal·là (1968) a Beirut i després a Bagdad, on fou elegit (1970) secretari general de la secció nacional del Ba'ṯ.