Fracassà en el seu matrimoni amb Catalina de Espinosa, sofrí presó per deutes i es traslladà a Madrid, on residí des del 1586 fins al 1601. El 1599 aparegué la primera part del Guzmán de Alfarache, novel·la picaresca que obtingué ressò immediat i nombroses edicions, bé que, editada sovint sense el seu permís, no li permeté de situar-se econòmicament. Implicat en negocis poc clars, contrets nous deutes, i després de sofrir novament presó, retornà a Sevilla. El 1602 aparegué una segona part, apòcrifa, del Guzmán, obra del valencià Joan Martí, i el 1604 Alemán en publicà l’autèntica, com també una biografia de San Antonio de Padua. Amistançat amb Francisca Calderón, l’any 1608, després de superar dificultats motivades per la seva ascendència jueva, aconseguí de traslladar-se amb ella a Mèxic, on publicà Ortografía castellana (1609) i la biografia del seu protector en aquelles terres, Sucesos de Fray García Guerra (1613). El Guzmán de Alfarache, conegut a la seva època com el Pícaro per excel·lència, suposa la culminació del gènere, del qual observa totes les característiques; escrit en primera persona, alterna les digressions morals, sovint gairebé sermons de púlpit, amb la història de la degradació del protagonista, amb un concepte pessimista de la condició humana que correspon a la mentalitat del concili de Trento. L’obra fou molt traduïda i obtingué una àmplia difusió a Europa.