Participà en les conspiracions de Valladolid i de Querétaro contra l’administració espanyola, fins que s’uní a Hidalgo després del “grito de Dolores” (16 de setembre de 1810). A Celaya organitzà l’exèrcit insurgent i aviat passà a l’acció com a cap militar i segon d’Hidalgo. Després de la derrota de Puente Calderón (17 de gener de 1811) davant les forces de Calleja, Allende substituí Hidalgo en la direcció del moviment. Poc després, el grup dirigent decidí de marxar als EUA, però, traïts per Elizondo, foren fets presoners després de l’acció d’Acatita de Baján (21 de març de 1811), on morí el fill d’Allende. Fou executat a Chihuahua.