Prescindeix del mecanisme logicomatemàtic d’aquesta i el substitueix per la metàfora de l’arbre amb les seves parts, a les quals atribueix una significació simbòlica. L’obra conté una exposició de tots els coneixements humans, tant els de l’ordre natural com els de l’ordre sobrenatural, acoblats en una estreta síntesi filosoficoteològica a l’entorn de tres temes cabdals: món, home i Déu. És dividida en setze parts, cada una de les quals adopta també el nom d’arbre i n’exposa el simbolisme en set subdivisions (arrels, tronc, branques, rams, fulles, flors i fruits). Llull constitueix un sistema total de l’univers, en el qual la simetria i la jerarquia són dues característiques importants. La unificació del saber i l’estructuració d’un sistema jeràrquic dels coneixements explica el favor obtingut per l’Arbre de Ciència en el Renaixement, quan l’ideal enciclopèdic exercí una forta atracció en la mentalitat del temps.
Un manuscrit del text català es troba a la Biblioteca Ambrosiana de Milà (segle XV) i hom sap que un altre fou escrit el 1418 a Perpinyà. Pel que fa al text llatí, n’hi ha un a la Bodleian Library d’Oxford i un altre a la Staatsbibliotek de Múnic (segle XV). La primera edició fou la del text llatí (Barcelona 1482). L’obra fou reeditada a Barcelona (1505), a Lió (1515, 1605, 1635 i 1637) i a Mallorca (1745). El text català fou editat a Mallorca (1917-26).