Fou fundada el 1581 per l’eclesiàstic Diego Pérez de Valdivia i el Consell de Cent com a asil de pobres, i fou habilitat l’edifici anomenat Casa dels Àngels (des del 1584, hospital de la Mare de Déu de la Misericòrdia). Estigué a cura de les germanes terciàries de Sant Francesc o germanes de la Misericòrdia (1600), orde fundat expressament pel canonge Pere Roig i Morell (actualment, de les filles de la caritat). Des del 1684 acollí només noies (els homes i els nois passaren al col·legi episcopal de Sant Rafael). El 1849 fou confirmat el caràcter ciutadà de la institució contra l’intent de refondre-la amb la Casa Provincial de Caritat.