Els Colonna foren els caps del partit gibel·lí, en oposició als Orsini, que ho foren del partit güelf; tots dos constituïren les famílies més poderoses de Roma. Cal destacar també llurs rivalitats amb els Gaetani i contra el papa Bonifaci VIII. Molts membres d’aquesta família moriren el 1347 en la desfeta de la noblesa romana per Cola di Rienzo, a la porta de San Lorenzo de Roma. Vers el 1225 els Colonna adquiriren les senyories de Capranica, Zagarolo i Gallicano.
Línia troncal dels prínceps de Paliano: Estirp provada del llinatge és Pietro (I) (mort el 1108), senyor de la Colonna (castell proper a Roma, destruït el 1296), de Palestrina i de Túsculum, probablement fill de Gregorio (III), comte de Tuscolo. Rebesnet seu fou el cardenal Giovanni Colonna (mort el 1241), que actuà com a delegat pontifici a la cinquena croada.
Germà d’aquest darrer fou Giordano (II) Colonna, pare de Federico Colonna, autor de la línia secundària dels Colonna Romano, ducs de Cesarò, extingida el 1938, i d’Oddone (II) Colonna, senador de Roma, que continuà la línia troncal. Besnets d’aquest foren els germans Giacomo Colonna (mort el 1318), cardenal, que sostingué una llarga lluita contra els papes Bonifaci VIII i Climent V, i Giovanni Colonna (mort el 1293), marquès d’Ancona i senador de Roma, que tingué dos fills: Agapito (I) Colonna (mort vers el 1300), que en continuà la línia, i Stefano Colonna, comte de Romanya (mort el 1348), senador de Roma, que inicià la línia secundària dels prínceps de Palestrina i de Carbognano, els membres de la qual es cognomenaren Barberini-Colonna di Sciarra des del 1728, i que s’extingí en la successió masculina el 1942. Agapito (I) fou creat (1294) comte de Manupello per Carles II de Nàpols.
El seu besnet Agapito (II) Colonna, senyor de Genazzano i governador imperial de Siena, fou pare d’Oddone Colonna (mort el 1431), que fou papa (1417) amb el nom de Martí V, de Giordano Colonna (mort el 1423), creat príncep de Salern (1419) per Joana II de Nàpols i fundador de la línia secundària dels ducs de Zagarolo, extingida el 1661, de la qual sortí la branca dels prínceps de Salern ducs de Venosa i d’Amalfi, extingida el 1475, i de Lorenzo Onofrio (I) Colonna, comte d’Alba (mort el 1423), que en continuà la línia.
El fill d’aquest, Odoardo Colonna (mort el 1485), fou fet (1459) duc dei Marsi i fou pare de Fabrizio (I) Colonna (mort el 1520), duc dei Marsi i comte de Tagliacozzo (des del 1497), primer gran conestable hereditari del regne de Nàpols (1490) i condottiero famós al servei de Ferran II de Catalunya-Aragó, que combaté contra els francesos a Cerignola i al Garigliano (1503). La seva fama induí Maquiavel a fer-ne un dels interlocutors en els seus diàlegs sobre l’art de la guerra. Tingué per fills la poetessa Vittoria Colonna i el gran conestable Ascanio Colonna (mort el 1555), successor del seu pare i espòs de Joana d’Aragó i de Cardona. Llur fill Marcantonio (II) Colonna (mort el 1584) fou nomenat, pel papa Pius V, príncep i duc de Paliano, duc de Tagliacozzo i marquès de Cave el 1569, vicecomandant de la flota papal a la batalla de Lepant (1571) i virrei de Sicília (1577). Aquest fou pare del cardenal Ascanio Colonna (mort el 1608) i de Fabrizio (II) Colonna, mort a Gibraltar el 1580, que es casà amb una germana de sant Carles Borromeu i en continuà la línia. El fill d’aquest, Marcantonio (III) Colonna (mort el 1595), fou nomenat príncep de Sonnino (1591) pel papa Innocenci IX i príncep assistent al soli pontifici (1589) per Sixt V, oncle de la seva muller. El seu nebot Marcantonio (V) Colonna (mort el 1659) es casà (1629) amb Isabella Gioeni-Cardona, princesa de Castiglione i marquesa de Giuliana, rica hereva siciliana.
Foren fills d’ells Filippo Colonna (mort el 1686), príncep de Sonnino i de Galatro, que fundà la línia secundària dels prínceps de Stigliano, encara subsistent, i Lorenzo Onofrio (II) Colonna (mort el 1689), que continuà la línia troncal de Paliano, fou lloctinent general d’Aragó (1678-81), gran conestable i virrei de Nàpols (1687-88) i es casà amb Maria Mancini, neboda del cardenal Mazzarino. El rebesnet seu Fabrizio (IV) Colonna (mort el 1813) es casà (1781) amb l’hereva dels Doria, prínceps i ducs d’Avella i ducs de Tursi, per la qual cosa llurs descendents es cognomenaren Colonna-Doria.
El fill d’aquest matrimoni Aspreno Colonna-Doria (mort el 1847) tingué dos fills: Edoardo Colonna (mort el 1904), fundador de la línia secundària dels prínceps de Summonte, i Giovanni Andrea Colonna-Doria (mort el 1894), que continuà la línia troncal dels prínceps de Paliano, encara subsistent. Pertangueren també a aquest gran llinatge Prospero Colonna (mort el 1523), cosí del gran conestable Fabrizio (I); aquell, després de servir Carles VIII de França, es passà al rei Ferran II el Catòlic i fou gran conestable del rei Frederic I de Nàpols; combaté contra Venècia en la lliga de Blois (1513), fou capità general del duc de Milà (1515), comandant suprem de l’exèrcit de l’emperador Carles V a Itàlia i vencedor dels francesos a la Bicocca (1522); Pompeo Colonna (mort el 1532), fill de Girolamo Colonna, que morí assassinat, i nebot del cardenal Giovanni Colonna (mort el 1508) (aquests dos darrers eren cosins del papa Martí V); combaté al servei de Ferran II el Catòlic fins el 1503, que es feu eclesiàstic i fou nomenat bisbe de Rieti i abat de Subiaco i Grottaferrata (1508), sense deixar, però, d’ésser soldat; es rebel·là contra el papa Juli II (1511), però Lleó X el feu cardenal (1517); fou instrument de l’emperador Carles V contra el papa Climent VII, i prengué part activa al sac de Roma; nomenat arquebisbe de Monreale i bisbe d’Aversa, morí essent virrei de Nàpols, càrrec que ocupà l’any 1530; i Federico Colonna, duc de Tagliacozzo, de la línia troncal.