El seu origen remunta a la reforma del consell reial feta per Ferran II de Catalunya-Aragó, per la qual restà constituït pel vicecanceller i quatre regents de la cancelleria, tots ells anomenats doctors. Tenia com a missió d’estudiar les causes i les peticions dels regnes de la corona catalanoaragonesa i de proposar-ne la solució al rei, i actuava com a òrgan consultiu de govern i com a tribunal suprem de justícia per als afers dels regnes de València, Mallorca i Sardenya (a partir del 1623, de tots els regnes). Ben aviat (1522) el nombre dels membres augmentà a set, presidits pel vicecanceller. Un d’ells tenia el càrrec de tresorer general de la corona catalanoaragonesa i no tenia vot en els negocis de justícia —era conseller de capa i espasa—, però sí en els de gràcia, i presidia les sessions del Consell en absència del vicecanceller. Els altres sis consellers foren anomenats regents, i eren dos pel Regne d’Aragó, dos pel Regne de València i dos pel Principat de Catalunya i regnes de Mallorca i de Sardenya.
Amb la incorporació del Regne de Nàpols (1504), els seus afers romangueren vinculats també al Consell, fins que el 1555 fou creat el Consell d’Itàlia. A més dels membres del Consell hi havia un advocat fiscal i quatre secretaris (un per Aragó, un per València, un pel Principat i un per Mallorca i Sardenya). El secretari aragonès, considerat com a secretari primer, malgrat les protestes dels altres, prenia el títol de protonotari, i assistia al Consell, però sense vot. El Consell radicava a la cort.
Des del començament del segle XVII esdevingué el centre d’on partien les directrius polítiques de la monarquia vers els regnes de la corona catalanoaragonesa. A partir del 1622, a la mort del vicecanceller Andreu Roig, hom confià la direcció del Consell (1622-46, 1677-90, 1692-1707), en govern i no en propietat, a lletrats i, després, a nobles, que n’eren anomenats presidents. Durant la guerra de Successió hi hagué dos consells d’Aragó; el filipista fou dissolt el 1707, tot atribuint al Consell d’Itàlia els afers de Sardenya; i el de l’emperador Carles VI perdurà fins el 1729 amb el nom de Consell d’Espanya.
Vicecancellers i presidents del Consell d’Aragó
| Alfons de la Cavalleria | 1494-1508 |
| Tomàs de Malferit | 1508 |
| Antoni Agustí i de Siscar | 1508-1523 |
| Frederic Honorat de Gualbes i de Vallseca (pel Principat de Catalunya) | 1523-1529 |
| Jerónimo de Raga (pel regne d’Aragó) | 1523-1529? |
| Eiximèn Peres de Figuerola? (pel Regne de Valéncia) | 1523-1529? |
| Joan Sunyer | 1529-1533 |
| Miquel Mai | 1533-1546 |
| Jeroni Descoll i d’Oliva | 1546-1554 |
| Pere de Clariana i de Seva | 1554-1562 |
| Bernardo de Bolea y Portugal | 1562-1585 |
| Simó Frígola | 1585-1598 |
| Dídac Covarrubias i Sang | 1598-1607 |
| Diego Clavera | 1608-1612 |
| Andreu Roig | 1612-1622 |
| Garci Pérez de Araciel (morí abans d’exercir el cárrec)* | 1623-1624 |
| Juan Manuel de Mendoza Luna y Manrique, marqués de Montesclaros* | 1628 |
| Enrique Pimentel, bisbe de Conca* | 1628-1632 |
| Francisco Fernández de la Cueva, duc d’Alburquerque* | 1632-1637 |
| Gaspar de Borja i de Velasco* | 1637-1645 |
| Maties Bayetola i Cabanilles | 1646-1652 |
| Cristòfor Crespí de Valldaura i Brizuela | 1652-1671 |
| Melcior de Navarra i Rocafull | 1671-1677? |
| Pasqual d’Aragó Folc de Cardona i Córdoba* | 1677 |
| Pere Antoni d’Aragó Folc de Cardona i Córdoba* | 1677-1690 |
| Melcior de Navarra i Rocafull (segona vegada)* | 1690-1691 |
| Gaspar Téllez Girón y Sandoval, duc d’Osuna* | 1692-1694 |
| Ferran de Montcada-Aragó i de Montcada, duc de Montalto (mort 1713) | 1695-1698 |
| Rodrigo Manuel Manrique de Laraide Tabora, comte de Frigiliana* 1 | 1698-1702? |
| Íñigo de la Cruz Manrique de Lara y Ramírez de Arellano, comte d’Aguilar, tercer comte de Frigiliana* 1 | 17022-1707 |
| * president; 1 en govern | |