La primera part de l’obra, fins a la invasió sarraïna, fou escrita en català i, acabada el 1606, fou publicada el 1609; la segona fou escrita en castellà i restà inèdita i sense revisar. Possiblement Pujades només pensà de completar els Anales de Zurita en el període comtal català.
Si bé en un principi la intenció de Pujades fou combatre les fantasies d’E. Barelles, acabà component una història general de Catalunya des de l’antiguitat fins al 1162, amb llargues descripcions geogràfiques. Representa una acumulació considerable de material historiogràfic i documental, que procura conciliar els fets històrics i les llegendes, i amb moltes citacions d’autoritats. Tingué una gran influència en la historiografia immediata posterior.
La primera part de la Crònica, escrita en català, fou publicada per l’editor Jeroni Margarit amb el suport econòmic del Consell de Barcelona l’any 1609, és a dir, a la tornada de l’autor a Barcelona després de la seva primera etapa a Castelló d’Empúries. Aquesta part comprèn des de la creació del món fins a l’any 714. Semblantment a altres autors coetanis com Corbera o Montcada, concentrà els seus esforços a reconstruir els orígens de Catalunya furgant entre velles llegendes precomtals i mites fundacionals de les principals ciutats, sense dubtar a l’hora d’inventar suposats cabdills de la resistència indígena contra romans i cartaginesos, de destacar els orígens cristians del Principat o de fer una extensa relació de martiris, sants i relíquies del primitiu cristianisme català. Pujades fou un dels primers a introduir en una història general de Catalunya la noció del pacte carolingi, segons la qual els catalans havien decidit voluntàriament posar la seva sobirania a mans dels reis francs, com a fonament del sistema polític català, de la qual procedeix la seva concepció de Principat voluntari, fonamentat en un acord entre el rei i els súbdits que li permet afirmar que allò que fan els catalans és, pròpiament, “corregnar”.
La Crònica fou una història al servei d’una causa política motivada, segons confessió del mateix autor, pel desig de contrapesar l’oblit de Catalunya en moltes històries nacionals que posaven els seus respectius països al centre de l’univers.
La segona i tercera parts de la Crònica, escrites en castellà, no foren publicades fins al segle XIX, després de seguir un llarg i tortuós itinerari. Durant la guerra dels Segadors el text, que Pujades deixà en herència a la seva família, anà a parar a mans de Pèire de Marca, el visitador francès enviat per Lluís XIV, que el feu servir, però sense esmentar-lo mai explícitament, en la redacció d’algunes obres seves: Marca Hispanica sive limes Hispanicus, Histoire de Béarn i Disquisiciones sobre Mont-serrate. Pau Ignasi de Dalmases assegurà haver-lo vist el 1700 a la biblioteca de l’arquebisbe de Rouen. El 1715, però, el volum es trobava a la biblioteca reial de París, on el canonge barceloní Josep de Taverner i d’Ardena aconseguí autorització per treure’n una còpia, que Pere Serra i Postius assegurà haver consultat a Barcelona el 1720. El 1777, el responsable del Diario de Barcelona, Pedro Ángel Tarazona, publicà un resum del conjunt de l’obra, amb una versió castellana de la primera part farcida d’errades. El llibre sencer, però, no fou publicat fins a la segona dècada del segle XIX, en què aparegué (1829-32) amb el títol de Crónica Universal del Principado de Cataluña, en 8 volums, a cura de Fèlix Torres i Amat, Albert Pujol i Pròsper de Bofarull. Segons Torres i Amat, Pujades aplegà per a la redacció de la segona i tercera parts de la Crònica una gran quantitat de documents, trets no solament dels arxius catalans sinó també del Rosselló i el Llenguadoc. Tota aquesta documentació, ordenada en tres volums que designà Flosculi, es troba a la Bibliothèque Nationale de París.
Les valoracions històriques sobre la Crònica han estat diverses. Esteve de Corbera (Cataluña Ilustrada) en destacà sobretot l’aridesa; Nicolás Antonio considerà que «aunque está afeada por algunos lunares es digna de leerse por la buena fe y exactitud que brilla en ella». J. Villanueva (Viage literario a las Iglesias de España) es plany que encara no s’hagin publicat la segona i la tercera parts de la Crónica «lo que obliga a los catalanes, tan aficcionados a conocer su pasado, a servirse de La Marca Hispànica de P. La Marca que, además de utilizar muchas informaciones de Pujades, lo trata con tanto desprecio». Sovint Pujades ha estat considerat més com un compilador de fonts que com un intèrpret. Segons Fèlix Torres i Amat, la seva manca de sentit crític li comportà molts retrets. També la redacció castellana de la segona i la tercera parts. El mateix Torres i Amat, en el seu diccionari d’autors catalans, mira de justificar les limitacions lingüístiques de la part castellana dient que aquesta llengua era molt poc coneguda a la Catalunya del segle XVII.