Protegit del príncep d’Èboli i d'Antonio Pérez, el 1573 fou nomenat per Felip II secretari de Joan d’Àustria, amb instruccions d’informar la cort de tots els actes i projectes d’aquest. Escobedo obtingué proves que Antonio Pérez i la princesa d’Èboli facilitaven informació als rebels flamencs i venien càrrecs públics i secrets d’estat. Pérez ho advertí i acusà Escobedo d’encoratjar Joan d’Àustria a aconseguir el regne anglès casant-se amb Maria Stuart i rebé autorització per a eliminar Escobedo, que fou assassinat.