És format pel president, el vicepresident, si així pertoca, i els consellers, el nombre dels quals amb responsabilitat executiva no pot excedir de deu. La seu és a Palma. Juntament amb el Parlament de les Illes Balears i el president forma les institucions d’autogovern que estableixen l’Estatut d’Autonomia del 1983 i l’Estatut d’Autonomia del 2007. Des de les primeres eleccions fins al 1999 fou governat pel Partido Popular (PP, fins el 1989 Alianza Popular).
El primer president balear fou Gabriel Cañellas i Fonts, el qual revalidà el càrrec en 1987, 1991 i 1995, any en què dimití i fou substituït per Cristòfol Soler i Cladera, el qual, al seu torn, dimití i fou rellevat el 1996 per Jaume Matas i Palou.
Les eleccions del 1999 portaren al Govern Balear el denominat Pacte de Progrés, una coalició pluripartidista formada pel Partit Socialista de les Illes Balears (PSIB-PSOE), Unió Mallorquina, (UM), Esquerra Unida-Els Verds, el Pacte Progressista d’Eivissa i la Coalició d’Organitzacions Progressistes presidida pel socialista Francesc Antich Oliver. Les eleccions del 2003 tornaren a donar la majoria al Partido Popular i en fou novament president Jaume Matas al capdavant d’un govern del qual també formava part UM, el qual ocupà el càrrec fins el juny del 2007, en què novament una nova edició del Pacte de Progrés (PSIB-PSOE, Bloc per Mallorca, Eivissa pel Canvi i PSM-Menorca) tornà a elegir president Francesc Antich.
El febrer del 2010, arran d’una sèrie de casos de corrupció en els quals foren imputats al llarg de l’any anterior diversos alts càrrecs d’Unió Mallorquina, Antich expulsà aquest partit del govern. L’any 2011, la majoria absoluta del Partido Popular aconseguida en les eleccions al Parlament Balear del mes de maig comportà el retorn d’aquest partit a la presidència del Govern Balear, amb Josep Ramon Bauzá com a president. El juliol del 2015 prengué possessió de la presidència Francina Armengol al capdavant d’un govern de coalició format pel PSIB i l’aliança d’esquerres MÉS, govern confirmat el juliol del 2019, també amb Armengol com a presidenta.